يقوم قسم الفرعي لبروتوتاريخ وآثار الشرق الأدنى بدراسة عصور النحاس (ح. 6000-3000 ق.م)، وعصور البرونز (ح. 3000-1200 ق.م)، وعصور الحديد (ح. 1200-334 ق.م) في منطقة الشرق الأدنى. يعمل القسم على استكشاف تطور وتغيرات الثقافات التي انتشرت في جميع أنحاء الشرق الأدنى، بما في ذلك أناضول، والبلقان، واليونان القارية والجزر الإيجية، وكريت، وقبرص، ومصر، وشرق البحر الأبيض المتوسط، ومنطقة ما بين النهرين، وإيران، والقوقاز، من خلال الأبحاث الأثرية، بهدف فهم العلاقات وتفسيرها. تغطي الفترة الزمنية التي يتم دراستها في هذا القسم الانتقال من بداية الحياة المستقرة واكتشاف الكتابة بعد آلاف السنين، مما يمثل فترة انتقالية هامة في تاريخ الحضارة والبشرية.